Djelatnost Zavoda je utvrđena Zakonom o zdravstvenom osiguranju (“Službene novine Federacije BiH”, broj 30/97 i 7/02), Odlukom o osnivanju Zavoda, Statutom Zavoda i obuhvata:

• provođenje politike razvoja i unapređivanja zdravstvene zaštite koja se osigurava obaveznim zdravstvenim osiguranjem;
• planiranje i prikupljanje novčanih sredstava obaveznog zdravstvenog osiguranja, te plaćanje usluga zdravstvenim ustanovama i privatnim zdravstvenim radnicima;
• obavlja poslove u vezi s ostvarivanjem prava osiguranih lica, brine se o zakonitom i blagovremenom ostvarivanju tih prava te im pruža stručnu pomoć u ostvarivanju prava i zaštite njihovih interesa;
• obavlja poslove ugovaranja sa zdravstvenim ustanovama i privatnim zdravstvenim radnicima;
• određuje kriterije i način korišćenja te visinu novčanog iznosa za naknadu putnih troškova u vezi s korištenjem zdravstvene zaštite i naknadu za pogrebne troškove;
• određuje visinu naknade plaće i najviši iznos naknade plaće na teret kantonalnog zavoda osiguranja, način valorizacije osnovice za naknadu plaća za vrijeme bolovanja;
• učestvuje u izradi i provodi međunarodne ugovore o socijalnom osiguranju u dijelu koji se odnosi na obavezno zdravstveno osiguranje;
• vrši obračun dugovanja i potraživanja troškova zdravstvenog osiguranja i druge poslove u skladu sa ovim ugovorima;
• obavlja poslove u vezi sa ostvarivanjem zdravstvene zaštite u inostranstvu, i privatnih zdravstvenih radnika saglasno zaključenom ugovoru za tekuću godinu;
• obavlja poslove izrade podzakonskih i općih akata u vezi sa ostvarivanjem prava iz obaveznog zdravstvenog osiguranja za čije su donošenje nadležni organi Kantona odnosno zavoda.